|
|
Detection of Homologous Enzymes
Gajdoš, Pavel ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
This work deals with detection of homologous enzymes in protein databases. Its goal is to design a tool providing such a search. The reader is familiarized with a basic theoretical knowledge regarding proteins, enzymes, homology, but also with existing tools for detection of homologous proteins and enzymes. The further concern of this work is with evaluation of existing tools for detection of homologous enzymes. For the purpose of assessment, a testing dataset was created altogether with an algorithm for evaluation of particular tools. The next part comprises a design and implementation of a new method for detection of homologous enzymes altogether with its evaluation. Two algorithms (One-by-One algorithm and MSA algorithm) for detection of homologous enzymes are presented and compared showing that MSA algorithm is insignificantly better than One-by-One algorithm in terms of accuracy whereas in the matter of speed the latter algorithm prevails.
|
|
|
Preparation, expression and characterization of mouse GCPIII
Bäumlová, Adriana ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Šebo, Peter (oponent)
Slovenský abstrakt Glutamátkarboxypeptidáza II (GCPII, EC 3.4.17.21) je transmembránovým glykoproteínom II typu, ktorý bol objavený v nervovom systéme na základe degradácie N-acetyl-L-aspartyl-L-glutamatu na N-acetyl-L-aspartát a L-glutamát, a preto sa predpokladá jeho účasť na nervovej signalizácií. Okrem mozgu, GCPII bola objavená vo väčšej miere taktiež v prostate, obličkách a tenkom čreve. V tenkom čreve GCPII napomáha vstrebávaniu folátov z potravy tým, že odštepuje koncové glutamáty z polyglutamylovaných folátov. V prostate nie je funkcia tohto proteínu doposiaľ známa, avšak využíva sa ako márker rakoviny. Mus musculus je dôležitým modelom pre štúdium GCPII a jej homológov ako terapeutického ciela. Ľudská GCPII a jej paralóg GCPIII sú pomerne dobre charakterizované, zatiaľ čo žiadna biochemická štúdia o ich myších ortológoch nie je dostupná. Preto sme myšaciu glutamátkarboxypeptidázu III (mGCPIII) naklonovali, pripravili rekombinantnou expresiou v hmyzích bunkách a chrakterizovali. Ukázali sme, že mGCPIII vykazujeα-glutamátkarboxypeptidázovú aktivitu, ktorá je inhibovatelná špecifickým inhibítorom GCPII, 2-PMPA. Taktiež sme testovali citlivosť a špecifitu monoklonálnych protilátok voči myšacej GCPIII. Imunochemická detekcia odhalila, že protilátka GCP-04 rozpoznáva ľudskú GCPII rovnako dobre ako...
|
|
|
Evoluce koncového mozku u blanatých obratlovců
Stehlík, Patrik ; Němec, Pavel (vedoucí práce) ; Druga, Rastislav (oponent)
Strukturní organizace koncového mozku je výrazně odlišná u savců, ptáků a ostatních plazů. Jedinečné šestivrstevné uspořádání kůry mozkové u savců dodnes nemá jasný homolog u ostatních skupin obratlovců. V průběhu posledního století vyvolalo toto téma bouřlivé diskuze na poli srovnávací neurobiologie. Dostupná data ukazují jasné homologie mezi podjednotkami subpallia koncového mozku mezi všemi skupinami amniot. Ohledně homologií v rámci palliální podjednotky vzniklo velké množství hypotéz, které rekonstruují evoluci koncového mozku u blanatých obratlovců zcela odlišně. Zatímco dřívější hypotézy navrhují homologie na úrovni neurálních obvodů a embryonálních polí, ta současná nabízí homologie na úrovni jednotlivých buněčných typů, kterými disponoval společný předek plazů, ptáků a savců, a které se různými vývojovými mechanismy přeskupily do takto diametrálně odlišných struktur. Nejnovější transkriptomická data jsou však v přímém rozporu s tímto tvrzením, a naopak hovoří ve prospěch hypotézy, která předpokládá, že mnohem zajímavější evoluční scénář, že vyšší kognitivní funkce se u obou hlavních větví amniot vyvinuly zcela nezávisle expanzí různých embryonálních polí. Cílem této literární rešerše je podat ucelené informace o navrhovaných homologiích a hypotézách napříč systémem amniot, kriticky je...
|
|
|
Základy perzistentní homologie
Novák, Jakub ; Šťovíček, Jan (vedoucí práce) ; Hrbek, Michal (oponent)
V této práci seznámíme čtenáře s teorií perzistentní homologie a na- značíme její aplikace. V první kapitole ukážeme základy simpliciální a singulární homologie a dokážeme základní vztahy, zejména nezávislost simpliciálních ho- mologických grup na zvoleném △-komplexu a izomorfismus mezi homologickými grupami homotopických prostorů. V druhé kapitole vysvětlíme motivaci za perzis- tentní homologií, popíšeme její algebraickou strukturu a způsob, jak lze vizuálně reprezentovat. Popíšeme a dokážeme správnost algoritmu na její výpočet. Teorii poté ilustrujeme na příkladu. 1
|
|
|
Rostlinné synapse: víc než metafora?
Pavlovic, Jakub ; Cvrčková, Fatima (vedoucí práce) ; Sikorová, Lenka (oponent)
Synapse jsou obecně definovány, jako místa kde dochází k mezibuněčnému přenosu signálu především mezi neurony za pomoci lokální recyklace exo- a endocytických váčků. Možná existence synaptického přenosu signálu je u rostlin stále předmětem debat. Nicméně existence rostlinných proteinů homologních k proteinům, které se vyskytují v synapsích, tuto teorii podporují. U rostlin byla do dnešní doby popsána mezibuněčná spojení, která se podobají jak elektrickým a imunologickým tak i chemickým synapsím. Tato práce se zabývá popisem známých i mou nově objevených rostlinných homologů několika genů, kteří se u živočichů účastní funkce a vývoje synapsí. Protein RHD3 byl popsán jako ortholog savčího atlastinu. Mutace v atlastinu způsobuje dědičnou spastickou paraplegii, u které dochází ke změně morfologie dlouhých axonů. Obdobnou změnu buněčné morfogeneze vykazují i mutanti rhd3, jejichž kořenové vlásky vykazují změněný fenotyp. Tyto vlásky jsou kratší a mají vlnitý vzhled. Dále se mi podařilo identifikovat možné homology dvou dalších genů. Jedná se o homologa k Dlg-MAGUK, který se podílí na správném vývoji a funkci synapsí. Druhým proteinem, ke kterému jsem objevil možného homologa, je RIMs-BP 2. RIMs-BP 2 tvoří bifunkční spojení mezi fúzním aparátem synaptického váčku a Ca2+ kanály. Posledním proteinem je...
|
|
|
Preparation, expression and characterization of mouse GCPIII
Bäumlová, Adriana ; Šebo, Peter (oponent) ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce)
Slovenský abstrakt Glutamátkarboxypeptidáza II (GCPII, EC 3.4.17.21) je transmembránovým glykoproteínom II typu, ktorý bol objavený v nervovom systéme na základe degradácie N-acetyl-L-aspartyl-L-glutamatu na N-acetyl-L-aspartát a L-glutamát, a preto sa predpokladá jeho účasť na nervovej signalizácií. Okrem mozgu, GCPII bola objavená vo väčšej miere taktiež v prostate, obličkách a tenkom čreve. V tenkom čreve GCPII napomáha vstrebávaniu folátov z potravy tým, že odštepuje koncové glutamáty z polyglutamylovaných folátov. V prostate nie je funkcia tohto proteínu doposiaľ známa, avšak využíva sa ako márker rakoviny. Mus musculus je dôležitým modelom pre štúdium GCPII a jej homológov ako terapeutického ciela. Ľudská GCPII a jej paralóg GCPIII sú pomerne dobre charakterizované, zatiaľ čo žiadna biochemická štúdia o ich myších ortológoch nie je dostupná. Preto sme myšaciu glutamátkarboxypeptidázu III (mGCPIII) naklonovali, pripravili rekombinantnou expresiou v hmyzích bunkách a chrakterizovali. Ukázali sme, že mGCPIII vykazujeα-glutamátkarboxypeptidázovú aktivitu, ktorá je inhibovatelná špecifickým inhibítorom GCPII, 2-PMPA. Taktiež sme testovali citlivosť a špecifitu monoklonálnych protilátok voči myšacej GCPIII. Imunochemická detekcia odhalila, že protilátka GCP-04 rozpoznáva ľudskú GCPII rovnako dobre ako...
|
|
|
Detection of Homologous Enzymes
Gajdoš, Pavel ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
This work deals with detection of homologous enzymes in protein databases. Its goal is to design a tool providing such a search. The reader is familiarized with a basic theoretical knowledge regarding proteins, enzymes, homology, but also with existing tools for detection of homologous proteins and enzymes. The further concern of this work is with evaluation of existing tools for detection of homologous enzymes. For the purpose of assessment, a testing dataset was created altogether with an algorithm for evaluation of particular tools. The next part comprises a design and implementation of a new method for detection of homologous enzymes altogether with its evaluation. Two algorithms (One-by-One algorithm and MSA algorithm) for detection of homologous enzymes are presented and compared showing that MSA algorithm is insignificantly better than One-by-One algorithm in terms of accuracy whereas in the matter of speed the latter algorithm prevails.
|
host ::
RSS.